| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 17 5月3日 10:08 予選 １組 2上り |
1 | 今治工業高校 | 3:28.34 | 2 | →準決勝 | |
| 2 | 津高校Ｃ | 4:02.96 | 6 | |||
| 3 | 京都工学院Ｂ | 3:36.50 | 3 | |||
| 4 | 岡谷南高校Ｂ | 3:45.03 | 5 | |||
| 5 | 今治北高校Ａ | 3:21.16 | 1 | →準決勝 | ||
| 6 | 大津高校 | 3:39.38 | 4 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 18 5月3日 10:16 予選 ２組 2上り |
1 | 高知工業高校 | 3:45.91 | 6 | ||
| 2 | 岡谷南高校Ｃ | 3:40.53 | 3 | |||
| 3 | 膳所高校Ａ | 3:42.74 | 4 | |||
| 4 | 京都工学院Ｃ | 3:43.58 | 5 | |||
| 5 | 海洋高校Ａ | 3:13.25 | 1 | →準決勝 | ||
| 6 | 宇和島東高校Ａ | 3:26.00 | 2 | →準決勝 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 19 5月3日 10:24 予選 ３組 2上り |
1 | 京都工学院Ｄ | DNS | |||
| 2 | 清風高校 | 3:25.62 | 1 | →準決勝 | ||
| 3 | 徳島市立Ｂ | 3:59.64 | 4 | |||
| 4 | 洲本高校 | 3:46.27 | 3 | |||
| 5 | 宇和島東高校Ｂ | 3:41.91 | 2 | →準決勝 | ||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 20 5月3日 10:32 予選 ４組 2上り |
1 | 朱雀高校 | 3:56.74 | 5 | ||
| 2 | 今治南高校 | 3:32.05 | 1 | →準決勝 | ||
| 3 | 大村高校Ｄ | 3:56.42 | 4 | |||
| 4 | 津高校Ａ | 3:34.10 | 2 | →準決勝 | ||
| 5 | 香住高校 | 3:49.69 | 3 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 21 5月3日 10:40 予選 ５組 2上り |
1 | 熊本学園大学付属高校Ｂ | 3:32.25 | 1 | →準決勝 | |
| 2 | 今治西高校Ａ | 3:47.14 | 4 | |||
| 3 | 大村高校Ｃ | 3:46.35 | 3 | |||
| 4 | 松山東高校Ｂ | 3:47.89 | 5 | |||
| 5 | 彦根東高校 | 3:42.26 | 2 | →準決勝 | ||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 22 5月3日 10:48 予選 ６組 2上り |
1 | 松山東高校Ａ | 3:28.25 | 1 | →準決勝 | |
| 2 | 大村高校Ｂ | 3:35.98 | 3 | |||
| 3 | 膳所高校Ｃ | 4:19.32 | 5 | |||
| 4 | 海洋高校Ｂ | 4:03.67 | 4 | |||
| 5 | 熊本学園大学付属高校Ａ | 3:29.60 | 2 | →準決勝 | ||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 23 5月3日 10:56 予選 ７組 2上り |
1 | 津高校Ｂ | 3:42.54 | 2 | →準決勝 | |
| 2 | 京都工学院Ａ | 3:27.32 | 1 | →準決勝 | ||
| 3 | 田辺高校 | 3:52.13 | 4 | |||
| 4 | 愛媛大学附属高校Ｂ | 4:14.69 | 5 | |||
| 5 | 八幡商業高校 | 3:46.93 | 3 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 24 5月3日 11:04 予選 ８組 2上り |
1 | 長崎明誠高校 | 3:34.10 | 3 | ||
| 2 | 膳所高校Ｂ | 3:48.28 | 4 | |||
| 3 | 岡谷南高校Ａ | 3:25.37 | 2 | →準決勝 | ||
| 4 | 愛媛大学附属高校Ａ | 3:53.73 | 5 | |||
| 5 | 大村高校Ａ | 3:24.72 | 1 | →準決勝 | ||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 25 5月3日 11:12 予選 ９組 2上り |
1 | 今治西高校Ｂ（棄権） | DNS | |||
| 2 | 徳島市立Ａ | 3:39.20 | 3 | |||
| 3 | 瀬田工業高校 | 3:20.33 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 今治北高校Ｂ | 4:02.12 | 4 | |||
| 5 | 関西高校 | 3:27.24 | 2 | →準決勝 | ||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 46 5月3日 14:00 敗復 １組 3上り |
1 | 大村高校Ｄ | 4:00.38 | 4 | ||
| 2 | 高知工業高校 | 3:48.73 | 3 | →準決勝 | ||
| 3 | 長崎明誠高校 | 3:37.06 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 洲本高校 | 3:46.54 | 2 | →準決勝 | ||
| 5 | 朱雀高校 | 5:48.09 | 5 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 47 5月3日 14:08 敗復 ２組 3上り |
1 | 愛媛大学附属高校Ａ | 3:56.32 | 4 | ||
| 2 | 岡谷南高校Ｂ | 3:53.14 | 3 | →準決勝 | ||
| 3 | 大村高校Ｂ | 3:38.04 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 大村高校Ｃ | 3:50.55 | 2 | →準決勝 | ||
| 5 | 徳島市立Ｂ | 4:09.34 | 5 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 48 5月3日 14:16 敗復 ３組 3上り |
1 | 田辺高校 | 3:52.34 | 2 | →準決勝 | |
| 2 | 京都工学院Ｃ | 3:53.40 | 3 | →準決勝 | ||
| 3 | 京都工学院Ｂ | 3:47.67 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 八幡商業高校 | 3:58.94 | 4 | |||
| 5 | 今治北高校Ｂ | 4:16.14 | 5 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 49 5月3日 14:24 敗復 ４組 3上り |
1 | 膳所高校Ｃ | 4:19.33 | 6 | ||
| 2 | 香住高校 | 4:02.29 | 4 | |||
| 3 | 膳所高校Ａ | 3:52.09 | 2 | →準決勝 | ||
| 4 | 徳島市立Ａ | 3:48.54 | 1 | →準決勝 | ||
| 5 | 今治西高校Ａ | 3:53.46 | 3 | →準決勝 | ||
| 6 | 津高校Ｃ | 4:16.16 | 5 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 50 5月3日 14:32 敗復 ５組 3上り |
1 | 愛媛大学附属高校Ｂ | 4:21.50 | 6 | ||
| 2 | 膳所高校Ｂ | 3:52.79 | 4 | |||
| 3 | 岡谷南高校Ｃ | 3:42.89 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 大津高校 | 3:42.93 | 2 | →準決勝 | ||
| 5 | 松山東高校Ｂ | 3:50.96 | 3 | →準決勝 | ||
| 6 | 海洋高校Ｂ | 4:11.08 | 5 |