| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 33 5月3日 12:16 予選 １組 2上り |
1 | 東京選抜B | 4:51.19 | 6 | ||
| 2 | 長崎明誠高校 | 3:38.92 | 4 | |||
| 3 | 岡谷南高校 | 3:30.01 | 2 | →準決勝 | ||
| 4 | 滋賀選抜 | 3:26.94 | 1 | →準決勝 | ||
| 5 | 大村高校Ａ | 3:32.44 | 3 | |||
| 6 | 彦根東高校B | 3:59.56 | 5 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 34 5月3日 12:24 予選 ２組 2上り |
1 | 膳所高校Ａ | 3:42.62 | 3 | ||
| 2 | 七尾高校 | 3:44.09 | 4 | |||
| 3 | 関西高校 | 3:23.81 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 彦根東高校A | 3:47.51 | 6 | |||
| 5 | 田辺高校 | 3:45.96 | 5 | |||
| 6 | 東京選抜A | 3:33.89 | 2 | →準決勝 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 35 5月3日 12:32 予選 ３組 2上り |
1 | 京都工学院B | 3:27.93 | 2 | →準決勝 | |
| 2 | 松江高専 | 3:53.99 | 5 | |||
| 3 | 松山東高校 | 3:21.78 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 今治南高校 | 3:30.61 | 3 | |||
| 5 | 宮津天橋高校 | DNS | ||||
| 6 | 清風高校B | 3:31.95 | 4 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 36 5月3日 12:40 予選 ４組 2上り |
1 | 桐蔭高校 A | 3:34.94 | 2 | →準決勝 | |
| 2 | 津高校 | 3:57.91 | 5 | |||
| 3 | 膳所高校Ｂ | 3:41.85 | 4 | |||
| 4 | 清風高校A | 3:25.18 | 1 | →準決勝 | ||
| 5 | 蒼開高校 | 4:05.86 | 6 | |||
| 6 | 大村高校B | 3:37.02 | 3 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 37 5月3日 12:48 予選 ５組 2上り |
1 | 熊本学園大学付属高校 | 3:20.93 | 1 | →準決勝 | |
| 2 | 徳島市立A | 3:43.03 | 5 | |||
| 3 | 今治工業高校B | 3:26.11 | 4 | |||
| 4 | 今治北高校 | 3:21.23 | 2 | →準決勝 | ||
| 5 | 洲本高校 | 5:01.66 | 6 | |||
| 6 | 和歌山北高校 | 3:25.96 | 3 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 38 5月3日 12:56 予選 ６組 2上り |
1 | 桐蔭高校 B | 3:33.54 | 3 | ||
| 2 | 徳島市立B | 4:01.56 | 4 | |||
| 3 | 京都工学院A | 3:24.52 | 2 | →準決勝 | ||
| 4 | 今治工業高校A | 3:23.59 | 1 | →準決勝 | ||
| 5 | 膳所高校Ｃ | 4:13.35 | 5 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 61 5月3日 16:00 敗復 １組 1上り |
1 | 津高校 | 3:56.82 | 3 | ||
| 2 | 長崎明誠高校 | 3:45.52 | 2 | |||
| 3 | 和歌山北高校 | 3:34.45 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 膳所高校Ｂ | 3:58.60 | 5 | |||
| 5 | 彦根東高校B | 3:57.89 | 4 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 62 5月3日 16:08 敗復 ２組 1上り |
1 | 松江高専 | 3:47.62 | 2 | ||
| 2 | 大村高校B | 3:51.64 | 4 | |||
| 3 | 今治工業高校B | 3:38.62 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 膳所高校Ａ | 3:48.65 | 3 | |||
| 5 | 徳島市立B | 4:25.92 | 5 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 63 5月3日 16:16 敗復 ３組 1上り |
1 | 洲本高校 | 3:55.19 | 4 | ||
| 2 | 彦根東高校A | 3:56.32 | 5 | |||
| 3 | 桐蔭高校 B | 3:39.22 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 今治南高校 | 3:43.90 | 2 | |||
| 5 | 徳島市立A | 3:49.49 | 3 | |||
| 6 | 蒼開高校 | 4:22.12 | 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 64 5月3日 16:24 敗復 ４組 1上り |
1 | 東京選抜B | 4:08.01 | 5 | ||
| 2 | 田辺高校 | 3:56.95 | 4 | |||
| 3 | 大村高校Ａ | 3:36.86 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 清風高校B | 3:47.44 | 2 | |||
| 5 | 七尾高校 | 3:52.85 | 3 | |||
| 6 | 膳所高校Ｃ | 4:26.63 | 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 83 5月4日 10:24 準決 １組 2上り |
1 | 桐蔭高校 A | 3:31.82 | 5 | ||
| 2 | 京都工学院A | 3:13.34 | 3 | |||
| 3 | 熊本学園大学付属高校 | 3:13.25 | 2 | →決勝 | ||
| 4 | 清風高校A | 3:20.75 | 4 | |||
| 5 | 和歌山北高校 | 3:13.19 | 1 | →決勝 | ||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 84 5月4日 10:32 準決 ２組 2上り |
1 | 東京選抜A | 3:31.88 | 5 | ||
| 2 | 関西高校 | 3:13.17 | 1 | →決勝 | ||
| 3 | 今治北高校 | 3:16.80 | 3 | |||
| 4 | 滋賀選抜 | 3:14.27 | 2 | →決勝 | ||
| 5 | 大村高校Ａ | 3:23.30 | 4 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 85 5月4日 10:40 準決 ３組 2上り |
1 | 桐蔭高校 B | 3:31.77 | 6 | ||
| 2 | 岡谷南高校 | 3:25.64 | 4 | |||
| 3 | 今治工業高校A | 3:20.91 | 2 | →決勝 | ||
| 4 | 松山東高校 | 3:19.66 | 1 | →決勝 | ||
| 5 | 京都工学院B | 3:27.98 | 5 | |||
| 6 | 今治工業高校B | 3:22.77 | 3 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 98 5月4日 13:10 決勝 |
1 | 今治工業高校A | 3:14.75 | 4 | ||
| 2 | 滋賀選抜 | 3:14.22 | 3 | |||
| 3 | 和歌山北高校 | 3:15.17 | 5 | |||
| 4 | 関西高校 | 3:12.85 | 1 | |||
| 5 | 熊本学園大学付属高校 | 3:13.60 | 2 | |||
| 6 | 松山東高校 | 3:17.40 | 6 |