| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 51 5月3日 14:40 予選 １組 2上り |
1 | 宇和島東高校 | 3:20.73 | 1 | →準決勝 | |
| 2 | 大村高等学校A | 3:21.24 | 2 | →準決勝 | ||
| 3 | 熊本学園大学付属高校B | 3:24.60 | 3 | |||
| 4 | 清風高校B | 3:29.60 | 5 | |||
| 5 | 東舞鶴高校 | 3:28.83 | 4 | |||
| 6 | 膳所高校D | 3:45.79 | 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 52 5月3日 14:48 予選 ２組 2上り |
1 | 桐蔭高校 | 3:32.95 | 5 | ||
| 2 | 田辺高校 | 3:30.18 | 4 | |||
| 3 | 琵琶湖漕艇場BRC | 3:22.72 | 2 | →準決勝 | ||
| 4 | 彦根東高校 | 3:35.62 | 6 | |||
| 5 | 八幡商業高校 | 3:28.16 | 3 | |||
| 6 | 膳所高校A | 3:20.39 | 1 | →準決勝 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 53 5月3日 14:56 予選 ３組 2上り |
1 | 京都工学院A | 3:12.70 | 1 | →準決勝 | |
| 2 | 大村高等学校C | 3:40.04 | 5 | |||
| 3 | 岡谷南高校B | 3:16.71 | 3 | |||
| 4 | 高島高校 | 3:24.64 | 4 | |||
| 5 | 今治工業高校B | 3:14.26 | 2 | →準決勝 | ||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 54 5月3日 15:04 予選 ４組 2上り |
1 | 今治南高校 | 3:21.23 | 3 | ||
| 2 | 津高校 | 3:35.72 | 5 | |||
| 3 | 膳所高校B | 3:34.53 | 4 | |||
| 4 | 今治北高校 | 3:20.23 | 2 | →準決勝 | ||
| 5 | 徳島市立高校 | 3:15.86 | 1 | →準決勝 | ||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 55 5月3日 15:12 予選 ５組 2上り |
1 | 大村高等学校B | 3:32.45 | 5 | ||
| 2 | 京都工学院B | 3:24.65 | 4 | |||
| 3 | 岡谷南高校A | 3:21.25 | 3 | |||
| 4 | 清風高校A | 3:17.77 | 2 | →準決勝 | ||
| 5 | 松山東高校 | 3:12.07 | 1 | →準決勝 | ||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 56 5月3日 15:20 予選 ６組 2上り |
1 | 今治工業高校A | 3:29.49 | 4 | ||
| 2 | 膳所高校C | 3:50.91 | 5 | |||
| 3 | 熊本学園大学付属高校A | 3:16.31 | 2 | →準決勝 | ||
| 4 | 東京選抜 | 3:17.23 | 3 | |||
| 5 | 関西高校 | 3:14.86 | 1 | →準決勝 | ||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 99 5月4日 13:36 敗復 １組 1上り |
1 | 彦根東高校 | 3:33.01 | 4 | ||
| 2 | 八幡商業高校 | 3:26.18 | 3 | |||
| 3 | 岡谷南高校B | 3:17.81 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 東舞鶴高校 | 3:24.45 | 2 | |||
| 5 | 津高校 | 3:36.29 | 5 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 100 5月4日 13:44 敗復 ２組 1上り |
1 | 膳所高校B | 3:32.25 | 4 | ||
| 2 | 京都工学院B | 3:21.42 | 2 | |||
| 3 | 東京選抜 | 3:14.71 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 今治工業高校A | 3:26.72 | 3 | |||
| 5 | 大村高等学校C | 3:46.59 | 5 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 101 5月4日 13:52 敗復 ３組 1上り |
1 | 桐蔭高校 | 3:29.80 | 4 | ||
| 2 | 高島高校 | 3:20.35 | 2 | |||
| 3 | 今治南高校 | 3:19.41 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 清風高校B | 3:27.42 | 3 | |||
| 5 | 膳所高校D | 3:44.42 | 5 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 102 5月4日 14:00 敗復 ４組 1上り |
1 | 大村高等学校B | 3:26.38 | 4 | ||
| 2 | 熊本学園大学付属高校B | 3:20.09 | 1 | →準決勝 | ||
| 3 | 岡谷南高校A | 3:20.51 | 2 | |||
| 4 | 田辺高校 | 3:26.11 | 3 | |||
| 5 | 膳所高校C | 3:40.33 | 5 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 145 5月5日 13:30 準決 １組 2上り |
1 | 琵琶湖漕艇場BRC | 3:21.44 | 5 | ||
| 2 | 熊本学園大学付属高校A | 3:12.76 | 3 | |||
| 3 | 松山東高校 | 3:11.83 | 1 | →決勝 | ||
| 4 | 清風高校A | 3:12.52 | 2 | →決勝 | ||
| 5 | 東京選抜 | 3:13.24 | 4 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 146 5月5日 13:38 準決 ２組 2上り |
1 | 大村高等学校A | 3:18.13 | 4 | ||
| 2 | 徳島市立高校 | 3:14.57 | 2 | →決勝 | ||
| 3 | 京都工学院A | 3:12.83 | 1 | →決勝 | ||
| 4 | 今治北高校 | 3:28.39 | 5 | |||
| 5 | 岡谷南高校B | 3:14.79 | 3 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 147 5月5日 13:46 準決 ３組 2上り |
1 | 熊本学園大学付属高校B | 3:30.77 | 6 | ||
| 2 | 宇和島東高校 | 3:19.55 | 4 | |||
| 3 | 関西高校 | 3:11.30 | 1 | →決勝 | ||
| 4 | 今治工業高校B | 3:15.33 | 2 | →決勝 | ||
| 5 | 膳所高校A | 3:20.66 | 5 | |||
| 6 | 今治南高校 | 3:18.24 | 3 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 165 5月6日 10:00 決勝 |
1 | 今治工業高校B | 3:26.05 | 6 | ||
| 2 | 京都工学院A | 3:17.04 | 1 | |||
| 3 | 松山東高校 | 3:19.52 | 4 | |||
| 4 | 関西高校 | 3:17.57 | 2 | |||
| 5 | 清風高校A | 3:19.30 | 3 | |||
| 6 | 徳島市立高校 | 3:24.56 | 5 |