| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 33 5月3日 12:16 予選 １組 2上り |
1 | 岡谷南高校B | 4:07.73 | 4 | ||
| 2 | 田辺高校B | 4:27.56 | 5 | |||
| 3 | 今治北高校A | 3:43.96 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 桐蔭高校 | 3:50.34 | 2 | →準決勝 | ||
| 5 | 滋賀選抜 | 3:54.12 | 3 | |||
| 6 | 今治南高校A（棄権） | DNS |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 34 5月3日 12:24 予選 ２組 2上り |
1 | 徳島市立高校A | 3:57.78 | 2 | →準決勝 | |
| 2 | 洲本高校 | 4:00.75 | 3 | |||
| 3 | 田辺高校A | 4:13.25 | 5 | |||
| 4 | 今治南高校B（棄権） | DNS | ||||
| 5 | 琵琶湖漕艇場BRC | 4:01.53 | 4 | |||
| 6 | 大津高校A | 3:55.47 | 1 | →準決勝 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 35 5月3日 12:32 予選 ３組 2上り |
1 | 松山東高校A | 3:45.50 | 2 | →準決勝 | |
| 2 | 膳所高校A | 4:12.43 | 6 | |||
| 3 | 東京選抜A | 3:52.62 | 3 | |||
| 4 | 堀川高校 | 3:55.14 | 4 | |||
| 5 | 和歌山北高校 | 3:42.13 | 1 | →準決勝 | ||
| 6 | 大津高校C | 4:11.61 | 5 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 36 5月3日 12:40 予選 ４組 2上り |
1 | 彦根東高校 | 4:00.23 | 4 | ||
| 2 | 高島高校A（棄権） | DNS | ||||
| 3 | 大津高校B | 3:58.17 | 2 | →準決勝 | ||
| 4 | 津高校A | 4:07.96 | 5 | |||
| 5 | 岡谷南高校A | 3:58.58 | 3 | |||
| 6 | 東舞鶴高校 | 3:49.94 | 1 | →準決勝 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 37 5月3日 12:48 予選 ５組 2上り |
1 | 大村高等学校A | 3:53.28 | 2 | →準決勝 | |
| 2 | 津高校B | 3:55.25 | 3 | |||
| 3 | 東京選抜B | 4:11.92 | 5 | |||
| 4 | 京都工学院 | 4:04.08 | 4 | |||
| 5 | 松山東高校B | 3:50.47 | 1 | →準決勝 | ||
| 6 | 徳島市立高校B | 4:28.74 | 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 38 5月3日 12:56 予選 ６組 2上り |
1 | 宮津天橋高校 | 4:04.19 | 4 | ||
| 2 | 朱雀高校 | 4:07.39 | 5 | |||
| 3 | 高島高校B | 3:57.90 | 3 | |||
| 4 | 熊本学園大学付属高校 | 3:46.82 | 1 | →準決勝 | ||
| 5 | 今治北高校B | 3:53.46 | 2 | →準決勝 | ||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 87 5月4日 12:00 敗復 １組 1上り |
1 | 東京選抜B | 4:12.52 | 5 | ||
| 2 | 洲本高校 | 4:02.51 | 3 | |||
| 3 | 東京選抜A | 3:52.67 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 琵琶湖漕艇場BRC | 3:58.09 | 2 | |||
| 5 | 膳所高校A | 4:06.56 | 4 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 88 5月4日 12:08 敗復 ２組 1上り |
1 | 大津高校C | 4:10.11 | 4 | ||
| 2 | 彦根東高校 | 3:57.71 | 2 | |||
| 3 | 滋賀選抜 | 3:53.96 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 京都工学院 | 4:06.74 | 3 | |||
| 5 | 田辺高校A | 4:11.60 | 5 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 89 5月4日 12:16 敗復 ３組 1上り |
1 | 津高校A | 4:04.52 | 4 | ||
| 2 | 岡谷南高校A | 4:01.25 | 3 | |||
| 3 | 堀川高校 | 3:55.29 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 宮津天橋高校 | 4:00.10 | 2 | |||
| 5 | 田辺高校B | 4:25.29 | 5 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 90 5月4日 12:24 敗復 ４組 1上り |
1 | 岡谷南高校B | 4:04.77 | 3 | ||
| 2 | 高島高校B | 3:52.69 | 1 | →準決勝 | ||
| 3 | 津高校B | 4:00.77 | 2 | |||
| 4 | 朱雀高校 | 4:08.52 | 4 | |||
| 5 | 徳島市立高校B | 4:29.35 | 5 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 127 5月5日 10:58 準決 １組 2上り |
1 | 大津高校B | 3:56.91 | 4 | ||
| 2 | 桐蔭高校 | 3:48.56 | 2 | →決勝 | ||
| 3 | 和歌山北高校 | 3:38.07 | 1 | →決勝 | ||
| 4 | 松山東高校B | 3:59.95 | 5 | |||
| 5 | 東京選抜A | 3:51.92 | 3 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 128 5月5日 11:06 準決 ２組 2上り |
1 | 徳島市立高校A | 3:55.05 | 4 | ||
| 2 | 東舞鶴高校 | 3:46.73 | 2 | →決勝 | ||
| 3 | 今治北高校A | 3:41.78 | 1 | →決勝 | ||
| 4 | 大村高等学校A | 3:58.82 | 5 | |||
| 5 | 高島高校B | 3:53.06 | 3 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 129 5月5日 11:14 準決 ３組 2上り |
1 | 堀川高校 | 3:52.45 | 3 | ||
| 2 | 大津高校A | 3:54.23 | 5 | |||
| 3 | 熊本学園大学付属高校 | 3:46.62 | 2 | →決勝 | ||
| 4 | 松山東高校A | 3:41.88 | 1 | →決勝 | ||
| 5 | 今治北高校B | 3:54.71 | 6 | |||
| 6 | 滋賀選抜 | 3:52.60 | 4 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 160 5月6日 9:20 決勝 |
1 | 桐蔭高校 | 4:01.83 | 6 | ||
| 2 | 熊本学園大学付属高校 | 3:51.67 | 3 | |||
| 3 | 今治北高校A | 3:48.38 | 1 | |||
| 4 | 和歌山北高校 | 3:49.36 | 2 | |||
| 5 | 松山東高校A | 3:56.78 | 4 | |||
| 6 | 東舞鶴高校 | 4:00.02 | 5 |