| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 1 5月3日 8:00 予選 １組 2上り |
1 | 田中 大也(大阪工業大学（棄権）) | DNS | |||
| 2 | 柴野 恭彦(京都大学C（棄権）) | DNS | ||||
| 3 | 武田 大作(愛媛大学黒汐会（棄権）) | DNS | ||||
| 4 | 江畠凜斉(東レ滋賀B) | DNS | ||||
| 5 | 郷原 博仁(滋賀大学教育学部 弁慶) | 3:55.25 | 2 | →準決勝 | ||
| 6 | 森 正翔(大阪大学) | 3:45.01 | 1 | →準決勝 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 2 5月3日 8:08 予選 ２組 2上り |
1 | 早川 奏雅(京都大学B（棄権）) | DNS | |||
| 2 | 巽 椋可(龍谷大学) | 3:36.98 | 1 | →準決勝 | ||
| 3 | 栗原 瞬斗(広島大学) | 4:04.07 | 4 | |||
| 4 | 吉田 安里(滋賀大学) | 4:07.13 | 5 | |||
| 5 | 目次 悠斗(松江高専) | 3:49.19 | 2 | →準決勝 | ||
| 6 | 田熊 大輝(愛知東郷ボートクラブ) | 3:53.37 | 3 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 3 5月3日 8:16 予選 ３組 2上り |
1 | 寺尾 隆之介(愛媛大学B) | 4:14.17 | 5 | ||
| 2 | 西村 望(関西学院大学A) | 3:37.32 | 2 | →準決勝 | ||
| 3 | 城 博海(同志社大学C) | 3:51.36 | 4 | |||
| 4 | 江頭 令太(大阪大学（棄権）) | DNS | ||||
| 5 | 御手洗 航(今治造船) | 3:34.01 | 1 | →準決勝 | ||
| 6 | 森川 尚由(鳥取大学A) | 3:37.85 | 3 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 4 5月3日 8:24 予選 ４組 2上り |
1 | 湯 真彦(瀬田漕艇クラブ) | 3:54.83 | 3 | ||
| 2 | 岡本 琉星(同志社大学B) | 4:10.31 | 4 | |||
| 3 | 岡田 直樹(東レ滋賀A) | 3:38.83 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 山本 葉玖(立命館大学A（棄権）) | DNS | ||||
| 5 | 大南 孝一郎(愛媛大学A) | 3:41.71 | 2 | →準決勝 | ||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 5 5月3日 8:32 予選 ５組 2上り |
1 | 野崎 雅仁(旭水艇友会) | 4:03.80 | 4 | ||
| 2 | 古郷 隆太(京都大学A) | 3:43.78 | 2 | →準決勝 | ||
| 3 | 飛田 健大(関西学院大学B) | DNS | ||||
| 4 | 猪野 健太郎(RC長崎) | 3:42.02 | 1 | →準決勝 | ||
| 5 | 平島 樹(立命館大学B) | 3:49.29 | 3 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 6 5月3日 8:40 予選 ６組 2上り |
1 | 前坂 晃希(鳥取大学B) | 4:05.46 | 3 | ||
| 2 | 六山 一旗(滋賀医科大学) | 3:50.06 | 1 | →準決勝 | ||
| 3 | 島 優一郎(京都大学医学部) | 3:56.97 | 2 | →準決勝 | ||
| 4 | 中塚 悠斗(同志社大学A) | 4:07.84 | 4 | |||
| 5 | 永坂 日鼓(東レ滋賀C) | DNS | ||||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 57 5月4日 8:00 敗復 １組 1上り |
1 | 前坂 晃希(鳥取大学B) | 4:09.76 | 3 | ||
| 2 | 森川 尚由(鳥取大学A) | 3:41.91 | 1 | →準決勝 | ||
| 3 | 吉田 安里(滋賀大学) | 4:06.26 | 2 | |||
| 4 | ||||||
| 5 | ||||||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 58 5月4日 8:08 敗復 ２組 1上り |
1 | 栗原 瞬斗(広島大学) | 3:56.65 | 2 | ||
| 2 | 平島 樹(立命館大学B) | 3:50.71 | 1 | →準決勝 | ||
| 3 | 中塚 悠斗(同志社大学A) | 3:58.69 | 3 | |||
| 4 | ||||||
| 5 | ||||||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 59 5月4日 8:16 敗復 ３組 1上り |
1 | 野崎 雅仁(旭水艇友会) | 4:02.43 | 2 | ||
| 2 | 城 博海(同志社大学C) | 3:46.30 | 1 | →準決勝 | ||
| 3 | 岡本 琉星(同志社大学B) | 4:03.12 | 3 | |||
| 4 | ||||||
| 5 | ||||||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 60 5月4日 8:24 敗復 ４組 1上り |
1 | 湯 真彦(瀬田漕艇クラブ) | 3:48.67 | 1 | →準決勝 | |
| 2 | 田熊 大輝(愛知東郷ボートクラブ) | 3:50.20 | 2 | |||
| 3 | 寺尾 隆之介(愛媛大学B) | 4:10.22 | 3 | |||
| 4 | ||||||
| 5 | ||||||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 106 5月5日 8:00 準決 １組 2上り |
1 | 島 優一郎(京都大学医学部) | 4:00.22 | 5 | ||
| 2 | 猪野 健太郎(RC長崎) | 3:52.90 | 3 | |||
| 3 | 御手洗 航(今治造船) | 3:40.82 | 1 | →決勝 | ||
| 4 | 古郷 隆太(京都大学A) | 3:56.70 | 4 | |||
| 5 | 森川 尚由(鳥取大学A) | 3:45.44 | 2 | →決勝 | ||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 107 5月5日 8:08 準決 ２組 2上り |
1 | 郷原 博仁(滋賀大学教育学部 弁慶) | 3:53.28 | 4 | ||
| 2 | 大南 孝一郎(愛媛大学A) | 3:42.60 | 2 | →決勝 | ||
| 3 | 巽 椋可(龍谷大学) | 3:40.86 | 1 | →決勝 | ||
| 4 | 森 正翔(大阪大学) | 3:46.10 | 3 | |||
| 5 | 城 博海(同志社大学C) | 3:53.60 | 5 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 108 5月5日 8:16 準決 ３組 2上り |
1 | 平島 樹(立命館大学B) | 3:47.35 | 4 | ||
| 2 | 六山 一旗(滋賀医科大学) | 3:48.72 | 5 | |||
| 3 | 岡田 直樹(東レ滋賀A) | 3:38.13 | 1 | →決勝 | ||
| 4 | 西村 望(関西学院大学A) | 3:40.97 | 2 | →決勝 | ||
| 5 | 目次 悠斗(松江高専) | 3:45.63 | 3 | |||
| 6 | 湯 真彦(瀬田漕艇クラブ) | 3:51.00 | 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 159 5月6日 9:12 決勝 |
1 | 森川 尚由(鳥取大学A) | 3:38.08 | 5 | ||
| 2 | 西村 望(関西学院大学A) | 3:37.35 | 3 | |||
| 3 | 御手洗 航(今治造船) | 3:33.00 | 1 | |||
| 4 | 岡田 直樹(東レ滋賀A) | 3:34.31 | 2 | |||
| 5 | 巽 椋可(龍谷大学) | 3:37.82 | 4 | |||
| 6 | 大南 孝一郎(愛媛大学A) | 3:42.50 | 6 |