| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 23 5月3日 10:56 予選 １組 2上り |
1 | 東レ滋賀 | 3:25.74 | 2 | →準決勝 | |
| 2 | 同志社大学A | 3:41.87 | 4 | |||
| 3 | 福岡教育大学 | 4:02.16 | 6 | |||
| 4 | 龍谷大学A | 3:15.56 | 1 | →準決勝 | ||
| 5 | 桜門艇友会・四国 | 3:47.03 | 5 | |||
| 6 | 立命館大学B | 3:33.18 | 3 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 24 5月3日 11:04 予選 ２組 2上り |
1 | 同志社大学C | 3:52.37 | 3 | ||
| 2 | 広島大学 | 3:55.03 | 4 | |||
| 3 | 龍谷大学B | 3:34.72 | 2 | →準決勝 | ||
| 4 | 京都大学B（棄権） | DNS | ||||
| 5 | 滋賀大学教育学部 青波 | 3:21.20 | 1 | →準決勝 | ||
| 6 | 大阪大学（棄権） | DNS |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 25 5月3日 11:12 予選 ３組 2上り |
1 | 山口合同ガスA | 3:21.24 | 1 | →準決勝 | |
| 2 | 鳥取大学B | 3:54.67 | 3 | |||
| 3 | 岡山大学医・歯学部 涼風（棄権） | DNS | ||||
| 4 | 滋賀医科大学 | 3:55.38 | 4 | |||
| 5 | 立命館大学A | 3:22.86 | 2 | →準決勝 | ||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 26 5月3日 11:20 予選 ４組 2上り |
1 | 立命館大学C | 3:34.26 | 2 | →準決勝 | |
| 2 | 大阪工業大学 | 3:44.88 | 3 | |||
| 3 | 今治造船A | 3:20.31 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 岡山大学 | 3:51.09 | 4 | |||
| 5 | 同志社大学D | 3:55.13 | 5 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 27 5月3日 11:28 予選 ５組 2上り |
1 | 同志社大学B | 3:57.50 | 4 | ||
| 2 | 今治造船B | 3:31.00 | 2 | →準決勝 | ||
| 3 | 山口合同ガスB | 3:24.25 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 愛媛大学 | 3:55.57 | 3 | |||
| 5 | 鳥取大学医学部 GAINA | 4:11.06 | 5 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 28 5月3日 11:36 予選 ６組 2上り |
1 | 京都大学医学部 | 3:43.06 | 2 | →準決勝 | |
| 2 | 滋賀大学 | 3:43.61 | 3 | |||
| 3 | 京都大学A（棄権） | DNS | ||||
| 4 | 鳥取大学A | 3:34.80 | 1 | →準決勝 | ||
| 5 | 岡山大学医・歯学部 鶴翔 | 4:26.48 | 4 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 71 5月4日 9:52 敗復 １組 1上り |
1 | 岡山大学医・歯学部 鶴翔 | 4:12.26 | 4 | ||
| 2 | 鳥取大学B | 3:48.77 | 3 | |||
| 3 | 立命館大学B | 3:25.70 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 広島大学 | 3:46.24 | 2 | |||
| 5 | ||||||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 72 5月4日 10:00 敗復 ２組 1上り |
1 | 鳥取大学医学部 GAINA | 3:59.30 | 4 | ||
| 2 | 同志社大学C | 3:48.23 | 3 | |||
| 3 | 同志社大学A | 3:35.94 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 同志社大学D | 3:47.30 | 2 | |||
| 5 | ||||||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 73 5月4日 10:08 敗復 ３組 1上り |
1 | 福岡教育大学 | 3:49.20 | 4 | ||
| 2 | 岡山大学 | 3:42.51 | 2 | |||
| 3 | 滋賀大学 | 3:40.33 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 滋賀医科大学 | 3:46.96 | 3 | |||
| 5 | ||||||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 74 5月4日 10:16 敗復 ４組 1上り |
1 | 同志社大学B | 3:47.98 | 3 | ||
| 2 | 桜門艇友会・四国 | 3:42.15 | 2 | |||
| 3 | 大阪工業大学 | 3:34.67 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 愛媛大学 | 3:51.74 | 4 | |||
| 5 | ||||||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 120 5月5日 9:58 準決 １組 2上り |
1 | 京都大学医学部 | 3:53.94 | 5 | ||
| 2 | 山口合同ガスB | 3:27.59 | 3 | |||
| 3 | 龍谷大学A | 3:19.05 | 1 | →決勝 | ||
| 4 | 東レ滋賀 | 3:24.02 | 2 | →決勝 | ||
| 5 | 立命館大学B | 3:36.33 | 4 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 121 5月5日 10:06 準決 ２組 2上り |
1 | 鳥取大学A | 3:29.34 | 3 | ||
| 2 | 立命館大学A | 3:29.64 | 4 | |||
| 3 | 今治造船A | 3:21.60 | 1 | →決勝 | ||
| 4 | 今治造船B | 3:28.44 | 2 | →決勝 | ||
| 5 | 大阪工業大学 | 3:42.29 | 5 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 122 5月5日 10:14 準決 ３組 2上り |
1 | 滋賀大学 | 3:51.72 | 6 | ||
| 2 | 龍谷大学B | 3:34.61 | 3 | |||
| 3 | 山口合同ガスA | 3:24.07 | 1 | →決勝 | ||
| 4 | 滋賀大学教育学部 青波 | 3:25.66 | 2 | →決勝 | ||
| 5 | 立命館大学C | 3:37.54 | 4 | |||
| 6 | 同志社大学A | 3:41.13 | 5 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 163 5月6日 9:44 決勝 |
1 | 今治造船B | 3:27.88 | 5 | ||
| 2 | 山口合同ガスA | 3:24.95 | 4 | |||
| 3 | 今治造船A | 3:20.07 | 2 | |||
| 4 | 龍谷大学A | 3:17.91 | 1 | |||
| 5 | 東レ滋賀 | 3:24.27 | 3 | |||
| 6 | 滋賀大学教育学部 青波 | 3:28.78 | 6 |