| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 79 5月5日 10:56 予選 １組 3上り |
1 | 瀬田北中学校Ｂ | 3:49.96 | 2 | →決勝 | |
| 2 | 清風中学Ａ | 3:50.53 | 3 | →決勝 | ||
| 3 | 瀬田中学校Ａ | 3:35.20 | 1 | →決勝 | ||
| 4 | 城崎中学校Ｂ | 3:50.87 | 4 | |||
| 5 | ||||||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 87 5月5日 12:00 予選 ２組 3上り |
1 | 清風中学Ｂ | 3:41.22 | 2 | →決勝 | |
| 2 | 瀬田中学校Ｂ | 3:49.02 | 4 | |||
| 3 | 城崎中学校Ａ | 3:38.94 | 1 | →決勝 | ||
| 4 | 瀬田北中学校Ａ | 3:44.91 | 3 | →決勝 | ||
| 5 | ||||||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 109 5月5日 14:56 決勝 |
1 | 清風中学Ａ | 3:50.98 | 5 | ||
| 2 | 瀬田北中学校Ａ | 3:43.28 | 4 | |||
| 3 | 城崎中学校Ａ | 3:34.91 | 3 | |||
| 4 | 瀬田中学校Ａ | 3:31.91 | 1 | |||
| 5 | 清風中学Ｂ | 3:34.46 | 2 | |||
| 6 | 瀬田北中学校Ｂ | 3:57.02 | 6 |