| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 1 5月3日 8:00 予選 １組 2上り |
1 | 楠 泰成(宮津天橋高校Ａ) | 3:43.89 | 1 | →準決勝 | |
| 2 | 山本 弘樹(相可高校Ｂ) | 4:21.77 | 6 | |||
| 3 | 佐橋 泰輝(京都工学院Ｂ) | 4:15.53 | 5 | |||
| 4 | 村上 聖(今治工業高校) | 4:01.16 | 2 | →準決勝 | ||
| 5 | 冬木 嶺(和歌山北高校) | 4:07.04 | 3 | |||
| 6 | 勝見 結斗(彦根東高校) | 4:09.44 | 4 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 2 5月3日 8:08 予選 ２組 2上り |
1 | 内山 瑛翔(朱雀高校) | DNS | |||
| 2 | 塩谷 快都(宮津天橋高校Ｂ) | 4:17.10 | 3 | |||
| 3 | 中出 絢斗(堀川高校Ｂ) | 4:23.95 | 5 | |||
| 4 | 越智 春太(今治西高校Ａ) | 3:48.82 | 1 | →準決勝 | ||
| 5 | 中山 遼太郎(大村高校Ｂ) | 4:15.95 | 2 | →準決勝 | ||
| 6 | 古川 葉路(膳所高校Ｂ) | 4:18.04 | 4 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 3 5月3日 8:16 予選 ３組 2上り |
1 | 前田 佳佑(彦根東高校) | 3:59.58 | 3 | ||
| 2 | 藤野一輝(瀬田漕艇クラブＡ) | 4:13.71 | 5 | |||
| 3 | 久保 拓海(徳島市立Ｃ) | 4:09.34 | 4 | |||
| 4 | 梅村 慶一(堀川高校Ａ) | 3:46.09 | 1 | →準決勝 | ||
| 5 | 佐野 天里(岡谷南高校Ａ（棄権）) | DNS | ||||
| 6 | 久岡 琉斗(膳所高校Ａ) | 3:56.83 | 2 | →準決勝 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 4 5月3日 8:24 予選 ４組 2上り |
1 | 大瀧 将叶(相可高校Ａ) | 3:57.63 | 4 | ||
| 2 | 小林 蒼太朗(岡谷南高校Ｂ) | 3:45.69 | 3 | |||
| 3 | 西川 元喜(京都工学院Ａ) | 3:40.38 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 山本 絢斗(東舞鶴高校) | 3:43.32 | 2 | →準決勝 | ||
| 5 | 岡 隼史(関西高校) | 4:00.24 | 5 | |||
| 6 | 重光 涼太(今治南高校) | 4:03.89 | 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 5 5月3日 8:32 予選 ５組 2上り |
1 | 池田 迅(長崎明誠高校Ａ) | 4:05.64 | 4 | ||
| 2 | 小林 悠真(津高校Ａ) | 3:51.56 | 2 | →準決勝 | ||
| 3 | 上山 陽仁(徳島市立Ｂ) | 4:10.82 | 5 | |||
| 4 | 神庭 駿希(松江高専) | 4:11.13 | 6 | |||
| 5 | 瀬越 開成(香住高校Ａ) | 3:49.06 | 1 | →準決勝 | ||
| 6 | 松尾 優汰(大村高校Ａ) | 3:52.59 | 3 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 6 5月3日 8:40 予選 ６組 2上り |
1 | 真田 蓮(徳島市立Ａ) | 3:59.87 | 1 | →準決勝 | |
| 2 | 二本柳 昇(津高校Ｂ) | 4:29.94 | 6 | |||
| 3 | 浅野 諒駕(八幡商業高校) | 4:10.66 | 3 | |||
| 4 | 吉村 壮生(膳所高校Ｃ) | 4:16.53 | 5 | |||
| 5 | 松田 煌生(京都工学院Ｃ) | 4:07.26 | 2 | →準決勝 | ||
| 6 | 木原 光(今治西高校Ｂ) | 4:10.97 | 4 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 7 5月3日 8:48 予選 ７組 2上り |
1 | 遠山 聡大(清風高校) | 3:34.98 | 1 | →準決勝 | |
| 2 | 永尾 悠喜(長崎明誠高校Ｂ) | 3:52.79 | 2 | →準決勝 | ||
| 3 | 藤野 騎士(海洋高校) | 3:59.16 | 3 | |||
| 4 | 山内颯(瀬田漕艇クラブＢ) | 4:12.42 | 6 | |||
| 5 | 伊藤 陽輝(香住高校Ｂ) | 4:10.07 | 5 | |||
| 6 | 濵本 岳人(宇和島東高校) | 4:06.86 | 4 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 35 5月3日 12:32 敗復 １組 3上り |
1 | 佐橋 泰輝(京都工学院Ｂ) | 4:15.76 | 5 | ||
| 2 | 冬木 嶺(和歌山北高校) | 4:06.62 | 2 | →準決勝 | ||
| 3 | 小林 蒼太朗(岡谷南高校Ｂ) | 3:51.26 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 久保 拓海(徳島市立Ｃ) | 4:09.07 | 4 | |||
| 5 | 吉村 壮生(膳所高校Ｃ) | 4:07.90 | 3 | →準決勝 | ||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 36 5月3日 12:40 敗復 ２組 3上り |
1 | 藤野一輝(瀬田漕艇クラブＡ) | 4:17.54 | 4 | ||
| 2 | 濵本 岳人(宇和島東高校) | 4:07.20 | 2 | →準決勝 | ||
| 3 | 松尾 優汰(大村高校Ａ) | 3:56.35 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 勝見 結斗(彦根東高校) | 4:08.98 | 3 | →準決勝 | ||
| 5 | 塩谷 快都(宮津天橋高校Ｂ) | 4:18.42 | 5 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 37 5月3日 12:48 敗復 ３組 3上り |
1 | 山内颯(瀬田漕艇クラブＢ) | 4:10.46 | 3 | →準決勝 | |
| 2 | 池田 迅(長崎明誠高校Ａ) | 4:01.66 | 2 | →準決勝 | ||
| 3 | 大瀧 将叶(相可高校Ａ) | 3:56.96 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 伊藤 陽輝(香住高校Ｂ) | 4:11.98 | 4 | |||
| 5 | 古川 葉路(膳所高校Ｂ) | 4:14.87 | 5 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 38 5月3日 12:56 敗復 ４組 3上り |
1 | 神庭 駿希(松江高専) | 4:03.72 | 3 | →準決勝 | |
| 2 | 重光 涼太(今治南高校) | 4:01.10 | 2 | →準決勝 | ||
| 3 | 藤野 騎士(海洋高校) | 3:55.24 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 浅野 諒駕(八幡商業高校) | 4:07.74 | 4 | |||
| 5 | 山本 弘樹(相可高校Ｂ) | 4:15.48 | 5 | |||
| 6 |
| № | BNo | Crew | 500m | 1000m | Rank | Qualify |
| 39 5月3日 13:04 敗復 ５組 3上り |
1 | 二本柳 昇(津高校Ｂ) | 4:42.39 | 6 | ||
| 2 | 木原 光(今治西高校Ｂ) | 4:18.26 | 4 | |||
| 3 | 岡 隼史(関西高校) | 4:00.34 | 1 | →準決勝 | ||
| 4 | 前田 佳佑(彦根東高校) | 4:02.41 | 2 | →準決勝 | ||
| 5 | 上山 陽仁(徳島市立Ｂ) | 4:04.69 | 3 | →準決勝 | ||
| 6 | 中出 絢斗(堀川高校Ｂ) | 4:23.18 | 5 |